На территории заповедника (включая п. Рустай и охранную зону) было достоверно зарегистрировано в разные годы обитание 112 видов животных, занесенных в Красные Книги МСОП, России и Нижегородской области в том числе: 52 вида птиц, 14 млекопитающих, 2 вида рептилий, 41 вид беспозвоночных, 2 вида рыб и 1 минога (круглоротые).
В данном списке животных отмечен природоохранный статус видов: 1 – вид занесен в Красные книги Российской Федерации и Нижегородской области; 2 – вид занесен в Красную книгу Нижегородской области; 3 – вид в Красной книге Нижегородской области отнесен к категории З (охране подлежат только ключевые местообитания), а заповедник не является его ключевым местообитанием; 4 – вид нуждается в особом контроле за состоянием в природной среде на территории Нижегородской области (Приложение 2 к Красной книге Нижегородской области).
Desmana mosсhata L. – Выхухоль
Класс Mammalia - Млекопитающие
Отряд Insectivora – Насекомоядные
Семейство Desmanidae – Выхухолевые
1. Desmana mosсhata L. – Выхухоль. Редкий реинтродуцированный полуводный вид. В третьей четверти XIX века в Семеновском и Макарьевском уездах по Керженцу выхухоль сохранялась в достаточном количестве для промысла. До середины ХХ века численность вида в Нижегородской области достигала наибольших значений в пойме Оки и пойме Керженца (Пузанов и др., 1955). К моменту создания Керженского заповедника (1993 г.) выхухоль в долине Керженца исчезла. В 2001–02 гг. на территории заповедника проводились работы по реакклиматизации выхухоли. Всего в 9 пойменных озер заповедника была выпущена 51 особь. Животные были отловлены в Вачском, Выксунском и Павловском районах Нижегородской области (Летопись..., 2003). Весной 2002 г. выхухоль была отмечена трижды: дважды на р. Керженец, примерно на 2 и 3 км выше места выпуска и на оз. Щучьем - севернее заповедника (около 25 км выше места выпуска). В мае 2002 г. в оз. Чернозерском были обнаружены 2 брошенные весенние норы. (Курочкин и др., 2002). В 2005 г. проведен учет выхухоли на 35% пойменных водоемов заповедника, в том числе важнейшие местообитания вида. Установлено, что в четырех озерах обитало 17 особей (Летопись..., 2006). В 2006 г. учетом были охвачены все водоемы поймы р. Керженец. Численность выхухоли в заповеднике составила 16 особей, на водоемах, обследованных в 2005 г. – 11 особей (Летопись..., 2007). В 2012 и 2013 гг. учетами были охвачены не только все водоемы поймы Керженца в пределах заповедника, но и ряд водоемов на сопредельной территории. Установлено, что реакклиматизированная выхухоль расселилась по всей пойме р. Керженец от с. Лыково до с. Валки, в то же время на заповедной территории ее численность продолжала снижаться. Запас вида в заповеднике составил в 2012 г. – 11 особей, в 2013 г. – 9 особей (Отчет…, 2012в; Отчет…, 2013в; Bakka & all., 2013; Бакка и др., 2014).