На территории заповедника (включая п. Рустай и охранную зону) было достоверно зарегистрировано в разные годы обитание 112 видов животных, занесенных в Красные Книги МСОП, России и Нижегородской области в том числе: 52 вида птиц, 14 млекопитающих, 2 вида рептилий, 41 вид беспозвоночных, 2 вида рыб и 1 минога (круглоротые).
В данном списке животных отмечен природоохранный статус видов: 1 – вид занесен в Красные книги Российской Федерации и Нижегородской области; 2 – вид занесен в Красную книгу Нижегородской области; 3 – вид в Красной книге Нижегородской области отнесен к категории З (охране подлежат только ключевые местообитания), а заповедник не является его ключевым местообитанием; 4 – вид нуждается в особом контроле за состоянием в природной среде на территории Нижегородской области (Приложение 2 к Красной книге Нижегородской области).
Castor fiber L. – Речной бобр
Класс Mammalia - Млекопитающие
Отряд Rodentia – Грызуны
Семейство Castor – Бобровые
4. Castor fiber L. – Речной бобр. Обычный реинтродуцированный полуводный вид. Был полностью истреблен на территории Нижегородской области в XIX веке. Последней территорией в области, где бобры сохранялись до 40-х гг. XIX века была так называемая Лыковщина в Семеновском уезде (Пузанов и др., 1942), то есть территория, непосредственно примыкающая к современным границам заповедника. В 1940 г. в пойму Керженца было выпущено 22 бобра, завезенных из Воронежского заповедника, в 1946 г. был произведен повторный выпуск бобров (35 экземпляров). К осени 1947 г. на будущей территории заповедника и непосредственно прилегающих участков поймы р. Керженец насчитывалось более 270 особей (Фомичева, 1950). Численность восстанавливающегося вида была подорвана к началу 1990-х гг. К моменту организации заповедника (1993 г.) бобр сохранился только в наиболее труднодоступных местах по лесным речкам - притокам Керженца. В 1995 г. на р. Черной численность составила 11-15 особей в 8 поселениях. В 2000 г. при повторном учете поселений бобра по р. Черной было отмечено 11 жилых поселений, кроме того, известно еще 2 поселения на р. Вишне, не менее двух - на р. Пугай и, как минимум, 2 поселения - в пойменных озерах р. Керженец. В последующие годы в условиях заповедного режима восстановление вида продолжалось (Курочкин и др., 2002). Учеты 2005-06 гг. выявили следующее число бобровых поселений: р. Вишня с притоками – 27, система р. Черной – 33, р. Пугай – 40, р. Рустайчик – 2, р. Макариха – 1, долина р. Керженец – 26 (Летопись..., 2006, 2007). Число бобровых поселений в системе р. Черной уже в 2007 г. достигает 69, а к 2009-10 гг. снижается до 53. В системе р. Вишня в 2008-10 гг. насчитывается 46 поселений, а в 2011- 41. На р. Пугай и с притоками в 2008-10 гг. существует лишь 23 поселения. В долине Керженца число поселений стабильно (Летопись…, 2009-2012). Таким образом, к 2006-08 гг. численность бобра в заповеднике достигла емкости местообитаний, а местами ее превысила, что привело к сокращению численности вида. Эти явления в разных речных системах происходили асинхронно, вызывая существенное перераспределение бобровых поселений по территории заповедника.